Suomessa yleisimmin käytetyt SSRI-lääkkeiden vaikuttavat aineet ovat sitalopraami, fluoksetiini, paroksetiini, sertraliini ja fluvoksamiini. Näistä jopa kolme fluoksetiini, paroksetiini ja fluvoksamiini ovat erittäin herkkiä reagoimaan muiden lääkkeiden kanssa. Näitä ei tule käyttää yhdessä muun muassa psykoosilääkkeiden, betasalpaajien, rytmihäiriölääkkeiden tai opioidien kanssa. Fluoksetiini, paroksetiini ja fluvoksamiini hidastavat muiden lääkkeiden poistumista elimistöstä. Tällöin ne voimistavat toisten lääkkeiden vaikutuksen jopa monin kymmenkertaiseksi.
Uusimman suomalaistutkimuksen mukaan yksi SSRI-lääke yhdessä lihasrentouttajakipulääkkeen kanssa laski koehenkilöiden verenpaineen hengenvaarallisen alas. Masennuslääke on fluvoksamiini, kauppanimellä Fevarin, ja lihasrelaksantti on hyvin yleisesti käytetty Sirdalud.
SSRI-lääkkeiden ja muiden lääkkeiden yhteisvaikutusten tutkittuja haittoja ovat muuan muassa suoliston verenvuodot ja yölliset hengityskatkokset.
Serotoniinilääkkeet reagoivat helposti myös yhdessä muiden masennuslääkkeiden kanssa. SSRI-lääkkeitä ei saa yhdistää MAO-estäjiin. Tästä seuraa harvinainen, mutta hengenvaarallinen serotoniinioireyhtymä. SSRI-lääkkeitä ei myöskään suositella yhdessä trisyklisten lääkkeiden kanssa. Osa serotoniinilääkkeistä – erityisesti fluoksetiini, paroksetiini ja fluvoksamiini - nostavat trisyklisten lääkkeiden pitoisuudet jopa myrkylliselle tasolle.