Epidemia johtui kiistatta sikainfluenssarokotuksista. Kaikilla sairastuneilla on taudille altistava kudostyyppi. Näyttää ilmeiseltä, että autoimmuunireaktion käynnistymisessä keskeistä on ollut se, miten rokotteessa ollut influenssaviruksen rakenne (nukleoproteiini) on valmistettu. Muissa sikainfluenssarokotteissa se on ollut erilainen kuin Pandemrixissa®. Tehosteaine, skvaleeni, on voinut edelleen voimistaa reaktiota. Nykyisessä influenssarokotteessa on huomioitu kyllä edelleen A(H1N1)v-virus, mutta rokotteen virusosan rakenne on erilainen, eikä nykyisessä rokotteessa ole skaveleenia.