TechBBS Folding@Home -tiimi (SARS-CoV-2 laskenta)

[micko]

Koko ajan ollut foldaus käynnissä, mutta viime päivinä suoritettavaa tullut varsinkin GPU:lle hyvin niukasti. Laitoin nyt tuon advanced-asetuksen aloitusviestin ohjeen mukaisesti ja heti buutin jälkeen tuli GPU:llekin tekemistä.

Alkaa olla vaan vähän lämmin jo koneen ympärillä. Pari viime päivää aurinko lämmittänyt niin mukavasti, että vaikka yläkerrasta otin kaikki lämmöt tietokonetta lukuunottamatta pois, niin lämpötila päivällä jo 24. Seuraavat viileämmät päivät vielä 24h foldausta, mutta kun taas tulee lämpimät kelit, niin täytynee sulkea ainakin päiväksi tuo.

 

[Esterhaus]

Olisiko jollain ihan kansantajuista vinkkiä, mitä advanded-asetuksia tuohon kannattaa laittaa? Sitä kokeilin, että lataa uuden duunin vasta kun entinen on valmis, mutta toi nyt tuskin kovin paljoa hyödyttää kun ei niitä töitä muutenkaan ole varsinkaan GPU:lle riittänyt. Muista asetuksista pudotin vähän käytössä olevia prossuytimiä että pysyisi lämmöt vähän alempina ja vähempi olisi tuulettimen puhinaa. Mutta se nyt ei laskentaa ja pistekertymää tietenkään tehosta. Isoimpia jättiduuneja ei voi ottaa tehtäväksi kun ei ole niitä vaaditavia 16 prossuydintä. Jännä kyllä sekin rajoite kun arkijärjellä ajattelisi, että ne ytimien flopsit olisi tärkeämpiä isojen laskentatehtävien kannalta kuin se että monta kpl ytimiä sattuu olemaan.

 

[Jani_ik]

Olisiko jollain ihan kansantajuista vinkkiä, mitä advanded-asetuksia tuohon kannattaa laittaa? Sitä kokeilin, että lataa uuden duunin vasta kun entinen on valmis, mutta toi nyt tuskin kovin paljoa hyödyttää kun ei niitä töitä muutenkaan ole varsinkaan GPU:lle riittänyt. Muista asetuksista pudotin vähän käytössä olevia prossuytimiä että pysyisi lämmöt vähän alempina ja vähempi olisi tuulettimen puhinaa. Mutta se nyt ei laskentaa ja pistekertymää tietenkään tehosta. Isoimpia jättiduuneja ei voi ottaa tehtäväksi kun ei ole niitä vaaditavia 16 prossuydintä. Jännä kyllä sekin rajoite kun arkijärjellä ajattelisi, että ne ytimien flopsit olisi tärkeämpiä isojen laskentatehtävien kannalta kuin se että monta kpl ytimiä sattuu olemaan.

Mun mielest se advanced moden laitto päälle on aika selkeä ohje mikä täällä aiemmin oli? Yhteen laatikkoon vaan copypasteat pari sanaa?

32-ydin cpu:sta sais 20% bonuksia joten sellasta sit jossai vaihees

 

[Esterhaus]

Mun mielest se advanced moden laitto päälle on aika selkeä ohje mikä täällä aiemmin oli? Yhteen laatikkoon vaan copypasteat pari sanaa?

32-ydin cpu:sta sais 20% bonuksia joten sellasta sit jossai vaihees

Kyllä tuo ohje on ihan selkeä, mietin vaan että onko noissa asetuksissa joku erityisen hyvä, kun kerran advandedin käyttöönoton jälkeen monella GPU-paketteja sitten napsahtelee koneelle samalla kun itselläni on kuiva kausi menossa taitteluissa. Mut taitaa olla niin, että pitäis olla koneessa vaan se 50 ydintä ja muutama GPU niin kuin tän palstan porukalla keskimäärin on, että saisi enemmän panosta annettua tieteen hyväksi.

 

[micko]

Mut taitaa olla niin, että pitäis olla koneessa vaan se 50 ydintä ja muutama GPU niin kuin tän palstan porukalla keskimäärin on, että saisi enemmän panosta annettua tieteen hyväksi.

Ryzen 3600 ja RX5700 ja sillä pääsi Techin top20-listalle hetkeksi aikaa. Nyt taas putosin siitä, kun ei ole GPU saanut hommia hetkeen. Ei siis keskimäärin laitteistolta ihan mahdottomia vaadi pysyä tämän porukan mukana. Kärkeen tällä koneella tietty ei ole asiaa.

 

[Esterhaus]

Ryzen 3600 ja RX5700 ja sillä pääsi Techin top20-listalle hetkeksi aikaa. Nyt taas putosin siitä, kun ei ole GPU saanut hommia hetkeen. Ei siis keskimäärin laitteistolta ihan mahdottomia vaadi pysyä tämän porukan mukana. Kärkeen tällä koneella tietty ei ole asiaa.

No ei tosiaan, pelkkä Radeon Pro 580 ja i5-7600K ja niillä teoriassa pitkällä ajalla 24/7 tahdilla pääsisi n. sijalle 50 päätellen siitä mitä client ennustaa päivätahdiksi kun on tuottoisa paketti työstettävänä.

Mutta, pieni panos ennen kaikkea rakkaudesta tieteeseen ja ihmiskuntaan, tulipa pisteitä nyt sitten mitä tahtia tahansa.

 

[Skutah]

Ryzen 3600 ja RX5700 ja sillä pääsi Techin top20-listalle hetkeksi aikaa. Nyt taas putosin siitä, kun ei ole GPU saanut hommia hetkeen. Ei siis keskimäärin laitteistolta ihan mahdottomia vaadi pysyä tämän porukan mukana. Kärkeen tällä koneella tietty ei ole asiaa.

Aamupäivällä katoin konetta niin pitkästä aikaan GPU:lla ei ollu hommia. Käynnistin softan uudestaan niin lähti rullaa. Tätä ennen ei ollu taukoa ollenkaan kummallakaan advanced-tilan laittamisen jälkeen...

 

[Hyrava]

Tulipa hetken ihmeteltyä miksi mun proxmoxissa virtuaalikoneena pyörivä BOINC ei pureskellut ollenkaan Rosettaa vaan pelkkää WCG:tä. Rosettaan oli ilmeisesti tullut päivitys eikä se enää toimi 1GB muistilla joten piti klikata giga lisää muistia VM:lle. Johan rupesi taas Rosetta laulamaan.

 

[Spoonz]

Kokeilinpa tässä vähän auttaa gtx 1080ti avustuksella, mutta alkaa talon ylempi kerros lämmitä liiaksi. Hallitus kieltää jatkon

 

[Clarenz]

Kokeilinpa tässä vähän auttaa gtx 1080ti avustuksella, mutta alkaa talon ylempi kerros lämmitä liiaksi. Hallitus kieltää jatkon

Omasta näyttiksestä ja prossusta vedin kellot minimiin ni ei puhise eikä lämmitä liikaa, mutta kyllä tuo jonkin verran saa päivässä laskettua.

 

[Pörkyle]

Kyllä tuo ohje on ihan selkeä, mietin vaan että onko noissa asetuksissa joku erityisen hyvä, kun kerran advandedin käyttöönoton jälkeen monella GPU-paketteja sitten napsahtelee koneelle samalla kun itselläni on kuiva kausi menossa taitteluissa. Mut taitaa olla niin, että pitäis olla koneessa vaan se 50 ydintä ja muutama GPU niin kuin tän palstan porukalla keskimäärin on, että saisi enemmän panosta annettua tieteen hyväksi.

Suomeksi sanottuna se tarkoittaa beta testausta. Kaikki löytyy kyllä tuolta Folding@homen guidesta.

Advanced Methods
v6: -advmethods
V7: client-type advanced
Sets a client preference to request late stage beta work units if available. This is only a request for a specific type of work unit, and is never a guarantee the client will received this type of work unit. If none of these work units are available, and regular work unit will be downloaded instead.
This switch is not intended for machines where stability or usability are the primary concern (e.g. corporate or education environments). Its use may lead to the client running experimental projects, which may be less stable or much more complex. This setting is not recommended for a machine which is not constantly monitored. This setting may require more donor intervention. The availability of this class of WUs is based on the current projects that are running, so there is no guarantee the client will get these WUs. This setting has no affect on PPD. PPD for these WUs are benchmarked and set exactly the same as every other work unit. However, due to an occasional instability, the WU might fail, which results in lost points, so overall PPD might decrease.
When beginning new simulation projects, they are carefully rolled out using a Quality Assurance (QA) protocol which involves internal testing by members of Pande Group, then testing by the Beta Team, release under Advanced Methods, before a final full deployment across all of Folding@home. This gradual rollout is to prevent problematic WUs and software from getting released to the public and to allow donors to have some choice in terms of bleeding edge donations. The Advanced Method option tells the client to request WUs from projects which have past most — but not all — of their stability testing. Please use this option carefully, and report any problems you encounter to the appropriate section of the Folding Support Forum.

Big advaced moden töiden lähetys on lopetettu 2015

Configuration guide – Folding@home

foldingathome.org

 

[Esterhaus]

Suomeksi sanottuna se tarkoittaa beta testausta. Kaikki löytyy kyllä tuolta Folding@homen guidesta.

Advanced Methods
v6: -advmethods
V7: client-type advanced
Sets a client preference to request late stage beta work units if available. This is only a request for a specific type of work unit, and is never a guarantee the client will received this type of work unit. If none of these work units are available, and regular work unit will be downloaded instead.
This switch is not intended for machines where stability or usability are the primary concern (e.g. corporate or education environments). Its use may lead to the client running experimental projects, which may be less stable or much more complex. This setting is not recommended for a machine which is not constantly monitored. This setting may require more donor intervention. The availability of this class of WUs is based on the current projects that are running, so there is no guarantee the client will get these WUs. This setting has no affect on PPD. PPD for these WUs are benchmarked and set exactly the same as every other work unit. However, due to an occasional instability, the WU might fail, which results in lost points, so overall PPD might decrease.
When beginning new simulation projects, they are carefully rolled out using a Quality Assurance (QA) protocol which involves internal testing by members of Pande Group, then testing by the Beta Team, release under Advanced Methods, before a final full deployment across all of Folding@home. This gradual rollout is to prevent problematic WUs and software from getting released to the public and to allow donors to have some choice in terms of bleeding edge donations. The Advanced Method option tells the client to request WUs from projects which have past most — but not all — of their stability testing. Please use this option carefully, and report any problems you encounter to the appropriate section of the Folding Support Forum.

Big advaced moden töiden lähetys on lopetettu 2015

Configuration guide – Folding@home

foldingathome.org

No nyt, viimeinkin, älysin mikä on homman nimi. Kiitos!

 

[tyson]

Ryzen 3600 ja RX5700 ja sillä pääsi Techin top20-listalle hetkeksi aikaa. Nyt taas putosin siitä, kun ei ole GPU saanut hommia hetkeen. Ei siis keskimäärin laitteistolta ihan mahdottomia vaadi pysyä tämän porukan mukana. Kärkeen tällä koneella tietty ei ole asiaa.

Älä huoli. Minullakaan ei ole top 50 joukkoon asiaa. Käytössä on core i5 2500k, jossa integroitu näytönohjain. Tällä voi käyttää vain kahta ydintä vakiokelloilla, sillä antec kuhler 620 vesijäähy vuodelta 2012 on käytännössä hajalla ja muuten lämmöt karkaisivat liian korkeiksi. Toisena koneena on sitten kannettava, jossa on intel atom suoritin. Siinäkin voi käyttää vain kahta säiettä lämpöongelmien vuoksi. Eipä kannettava sitten paljoa virtaa kulutakaan. Sijoitusta joukkueessa en edes viitsi etsiä.

 

[Yeenoghu]

Tulipahan tämäkin testattua kahdella PC:llä.

Jos käyttää pelkästään näytönohjaimia (2080Ti ja 1050Ti) laskentaan, niin ei varsinaisesti muita ongelmia kuin pakettien heikko saatavuus. Mutta CPU-laskenta (A10-7850 ja i7-5960x @4.65Ghz+Custom loop jäähy) tuntuu olevan liian kova pala erityisesti tuon A10:n jäähdyttämiseen ja kone kippailee. Tuo i7 pysyy vakaana - kiitos tuon Mora 420LT -jäähyn - mutta ihmetellä pitää että miten ihmeessä tuo kuormittaa CPU:ta niin paljon enemmän kuin esim. joku CPU:lla tehty HEVC videotranskoodaus. Transkoodauksessa kuumin 5960x ydin piikkaa n. 73C, kun F@H saa kuumimman ytimen käymään n. 80C:ssä. Joo, AVX. Mutta niin on HEVC:ssäkin.

Tehonkulutus pelkästään CPU:n ja GPU:n osalta tuolla 5960x + 2080Ti:llä HWInfon mukaan yli 600W. Eipähän tarvi palella.

 

[Jani_ik]

Tulipahan tämäkin testattua kahdella PC:llä.

Jos käyttää pelkästään näytönohjaimia (2080Ti ja 1050Ti) laskentaan, niin ei varsinaisesti muita ongelmia kuin pakettien heikko saatavuus. Mutta CPU-laskenta (A10-7850 ja i7-5960x @4.65Ghz+Custom loop jäähy) tuntuu olevan liian kova pala erityisesti tuon A10:n jäähdyttämiseen ja kone kippailee. Tuo i7 pysyy vakaana - kiitos tuon Mora 420LT -jäähyn - mutta ihmetellä pitää että miten ihmeessä tuo kuormittaa CPU:ta niin paljon enemmän kuin esim. joku CPU:lla tehty HEVC videotranskoodaus. Transkoodauksessa kuumin 5960x ydin piikkaa n. 73C, kun F@H saa kuumimman ytimen käymään n. 80C:ssä. Joo, AVX. Mutta niin on HEVC:ssäkin.

Tehonkulutus pelästään CPU:n ja GPU:n osalta tuolla 5960x + 2080Ti:llä HWInfon mukaan yli 600W. Eipähän tarvi palella.

Melko kiuas. Mun TR suorastaan idlaa viileenä 66c 16 ydintä 100% rasituksessa F@H.

 

[Aretus84]

Henkilökohtaisesti ihan kohtalaista nousua on tullut harrastettua tuola tiimissä. Mulla on I9 9900K ja rtx 2070super toisessa koneessa, millä jauhetaan pääsääntösesti öisin. Toinen kone jauhaa 24/7, siinä I7 2700K kellotettuna 4,5Ghz ja gtx 1070. Pakko on todeta että sähkönkulutuksessa huomaa tämän toiminnan aika nopeasti, päiväkulutus noussut melkein 10Kwh. Nyt harkinnassa on tuon toisen aparaatin siirtäminen emännän "toimistolle" missä on sähkö talon puolesta, sinne vain pitäisi ite järkätä netti, jotenka vähän fifty sixty kannattaako yhtä konetta varten käydä säätämään, tai sitten pitää kaivella jostain kavereilta muutama vanha rauta sinne

 

[TeURaS86]

Henkilökohtaisesti ihan kohtalaista nousua on tullut harrastettua tuola tiimissä. Mulla on I9 9900K ja rtx 2070super toisessa koneessa, millä jauhetaan pääsääntösesti öisin. Toinen kone jauhaa 24/7, siinä I7 2700K kellotettuna 4,5Ghz ja gtx 1070. Pakko on todeta että sähkönkulutuksessa huomaa tämän toiminnan aika nopeasti, päiväkulutus noussut melkein 10Kwh. Nyt harkinnassa on tuon toisen aparaatin siirtäminen emännän "toimistolle" missä on sähkö talon puolesta, sinne vain pitäisi ite järkätä netti, jotenka vähän fifty sixty kannattaako yhtä konetta varten käydä säätämään, tai sitten pitää kaivella jostain kavereilta muutama vanha rauta sinne

Se jos olisi keräyslipas kyseessä, niin sitä ei ihan heiveröinen mummo enää sinun jäljiltä käsi suorana kannattelisi =). Eipä tästä taida sen kummemmin köyhtyä, kun se sähkölasku jakautuu kuitenkin tasaisesti. Ainakin itsellä on suorasähkölämmitys, niin sitä voin voinut useamman patterin napsautella ihan kokonaan pois päältä, joten antaa koneen jauhaa vaan.

 

[JuSiZ]

Tuli taas nasautettua io teami tulille kun sieltä porukka puskee takaa kohta edelle...
Viikon tuli jauhettua curecoinia tuolla mutta eipä siinä paljoa taida hyötyjä tulla. Vajaa sata coinia näkyi rasahtavan mutta arvo noilla mitätön nykykurssilla mutta tulipahan testattua.

 

[Aretus84]

Se jos olisi keräyslipas kyseessä, niin sitä ei ihan heiveröinen mummo enää sinun jäljiltä käsi suorana kannattelisi =). Eipä tästä taida sen kummemmin köyhtyä, kun se sähkölasku jakautuu kuitenkin tasaisesti. Ainakin itsellä on suorasähkölämmitys, niin sitä voin voinut useamman patterin napsautella ihan kokonaan pois päältä, joten antaa koneen jauhaa vaan.

Juu ittellä on puukeskuslämmitys, niin tuosta koneen tuottamasta lämmöstä ei oikeastaan mitään iloa mulle ole, ja vaikka suht iso talo onkin, kskimäärin huhtikuussa on mennyt 470KWh sähköä, tällähetkellä mennään jo 259Kwh ja tuo taulukko tulee kokoaika vuorokauden perässä Eiköhän se 600 nouse kun kuu vaihtuu :o

 

[Kaipeee]

Täällä foldattu nyt muutama päivä 3900x + gtx 1080 sekä fx8350 + HD 7950.
Muutamia kaatumisia tuli uudemmalla koneella, mutta loppuivat kelloja laskiessa.

 

[Hardzaa]

Nyt on kyllä parille päivää ollut paljon pakettia luvassa.. Toista päivää nyt taas lämmittämässä mökkiä päiväsaikaan.. Kerran pari kaatuu yleensä, mutta sitten pysyy kyllä päällä pitkäänkin, onkohan noilla komponenttien lämmöillä jotain tekemistä asiaan :/

 

[maitopurkki]

Nyt on kyllä parille päivää ollut paljon pakettia luvassa.. Toista päivää nyt taas lämmittämässä mökkiä päiväsaikaan.. Kerran pari kaatuu yleensä, mutta sitten pysyy kyllä päällä pitkäänkin, onkohan noilla komponenttien lämmöillä jotain tekemistä asiaan :/

Joku siellä on epävakaa, kellot pois. Jos ei kelloja ole, bios reset. Jos ei sittenkään helpota, jossain on vikaa fyysisesti.

 

[D8088-2]

Harmi, että ei ole tullut GPU paketteja nyt moneen päivään. CPU jauhaa kyllä koko ajan.

 

[Skutah]

Harmi, että ei ole tullut GPU paketteja nyt moneen päivään. CPU jauhaa kyllä koko ajan.

Aamuisin ei ole GPU hommissa täs pääsiäisenä. Ohjelman uudelleen käynnistys on auttanut.

 

[D8088-2]

Aamuisin ei ole GPU hommissa täs pääsiäisenä. Ohjelman uudelleen käynnistys on auttanut.

Just kun kirjoitit ja luin sun viestin, niin oli tullut GPU paketti =D (mutta ei COVID paketti kuitenkaan vaan Folding@home Project Description)

 

[Rigor]

Aika monelta palvelimelta tarjottavat paketit lopussa. Eli kestää aikaa saada yhteys palvelimeen, jolla gpu-paketteja tarjolla. Yritysten välissä kasvava viive ei yksittäistä clientiä auta, mutta suojaa palvelimia ruuhkalta.

 

[Skutah]

Aika monelta palvelimelta tarjottavat paketit lopussa. Eli kestää aikaa saada yhteys palvelimeen, jolla gpu-paketteja tarjolla. Yritysten välissä kasvava viive ei yksittäistä clientiä auta, mutta suojaa palvelimia ruuhkalta.

Noh, tän pääsiäisen jälkeen varmaan lisääntyy paketit.

 

[Samat]

Nyt lähti lataamaan molemmat paketit, on vaan netti ollut niin jumissa perjantaista lähtien että kestää jonkin aikaa nuo lataukset.

 

[Freeze]

Haluaisin vain muistuttaa @Sampsa lähestyvästä kiinniotosta terveessä urheiluhengessä

 

[Jalmos]

Yks päivä jauhettu, vaatimattomalla läppärin teholla ja vielä vaatimattomammalla varaläppärin "teholla". Muutama paketti kuitenkin saatiin laskettua, mutta tänään ei ollut puolenpäivän jälkeen pakettia tulossa. Lueskelin tosta, että uudelleenkäynnistys voi auttaa ja niin kävi. Heti lähti paketti siirtymään.

Täytynee tästä lähin tehdä toi temppu herkemmin, nyt odottelin monta tuntia ilman, että kone sai laskettavaa.

Onko muuten olemassa jotain stand alone-clientiä? Mulla olis tossa yks työläppäri tyhjänpanttina, mutta siihen ei saa mitään asennettua...

 

[kuvaweopu]

Onko muuten olemassa jotain stand alone-clientiä? Mulla olis tossa yks työläppäri tyhjänpanttina, mutta siihen ei saa mitään asennettua...

Tällainen näyttäisi olevan: Folding@home Portable (distributed computing project) | PortableApps.com

Lähti laskemaan kakkoskoneella kun tuolla testasin.

 

[Jalmos]

Sillä lähti laskemaan. Ja näkyy olevan ihan FAH web controlkin käytössä. Seuraava kysymys koskeekin sitä, miksei se kuormita prosessoria 100 %? Kuorma nousee vaan johonkin 50 % tasolle. CPU on i5-8365 @1.60GHz. Vrt. vaikka oman läppärin i5-5300@2.30GHz. Tossa 8365:ssa on 4 tuplaydintä ilmeisesti, koska 8 prosessoria. 5300:ssa on 2 ja 4. Voiko kyse olla siitä, ettei laskenta osaa kuormittaa noita ytimiä täydellisesti?

Windowsista pitäisi kyllä olla verkkovirralla paras teho käytössä. Nyt käytännössä laskuteho on molemmissa samaa luokkaa.

 

[Rigor]

No niin... Yön aikana sitten parin tiimin ohitukset tapahtunut, vaikkei servereiltä välillä meinaa saada laskettavaa. Toisaalta miten olis ohittamatta, jos toisesta tiimistä ei ole vastusta? Muutamassa päivässä top200 saavutettavissa.

 

[Jalmos]

Täällä kolme läppäriä puskee pienillä tehoillaan, mutta kuitenkin Jos olisi vinkkejä, millä saisin nostettua laskentatehoa, josta kerroin tuolla yllä? Huomasin, että nyt tuo FAH Control näyttääkin, että vain 3 ydintä on käytössä. Ja vaikka sitä yrittää siitä nostaa 8:aan, niin ei se tunnu vaikuttavan mihinkään. Eli ilmeisesti tää uusin työläppäri laskee 3/8-prosessorilla ja tahkoaa silläkin melkein saman kuin oma i5-5300. Eli potentiaalia olisi.

Jostain syystä myöskään se web control hukkaa sen clientin eikä suostu alun jälkeen sitä löytämään, onneksi FAH Control toimii. Ajaako joku suoraan sitä FAH Clientiä suoraan jollain bat-tiedostolla esim.? Voisi olla kaikkein robustein homma, jos vaikka jollain olisi valmiit TechBBS-asetukset, ei tartte kuin nicki vaihtaa

 

[debiloinen]

Kannattaa katsoa sieltä Log-välilehdeltä miksi coremäärä on mitä on. Tälläistä näyttää 8c/16t prossulla:

11:30:29:WU01:FS00:0xa7:Reducing thread count from 14 to 13 to avoid domain decomposition with large prime factor 7
11:30:29:WU01:FS00:0xa7:Reducing thread count from 13 to 12 to avoid domain decomposition by a prime number > 3

 

[Jani_ik]

Laskennan puutteesee kaatu mun nousuyritykset kohti top50, mutta jos tässä sitten pätisi sanonta "Patience Young Padawan". Ehkä sitä tavaraa sieltä tulee vielä kunnolla työstettäväksi.

Pääasia että tiimillä menee hyvin yleensä.

 

[Jalmos]

En keksinyt muuten, miten saan prosessoreista täyden kapasiteetin irti, mutta laitoin uuden CPU-slotin ja nyt siis duunaa kahta WU:ta samaan aikaan: nyt ollaan lähes 100 % kuormassa.

 

[TeURaS86]

Tulipahan huomattua, että ainut millä kannattaa katsoa, että tekeekö se GPU töitä vai ei, on GPU-Z. Ihmettelin tuossa, kun NZXT CAM näytti, että 15% on vain GPU käyttö ja Windows task manager 45%. No selvisipähän tämäkin, että GPU-Z näyttää todellista dataa.
Pakko vielä hieman taputtaa itseä selkään, että ilmeisesti on osunut nuo kellotukset kohtalaisen hyvin kohdalleen ja vakaaksi, kun CPU ja GPU pauhaa menemään, eikä mitään error messageja logeissa, eikä koneen kaatumisia tai mitään ongelmaa.

 

[Jalmos]

Lyhyellä FAH-kokemuksella vaikuttaisi siltä, että jos on työn alla 2 WU:ta samaan aikaan, tilalle löytyy uusi WU helpommin kuin jos tekeevain yhtä kerrallaan. Ensi alkuun kävi niin, että ei löytynyt uutta pakettia tilalle. Nyt kun jaoin CPU:n kahteen slottiin prosessorikuorman nostamiseksi, on joka kerta löytynyt heti uusi WU valmistuneen tilalle.

Oletteko jakaneet CPU:ta slotteihin ja huomanneet vastaavaa? Joka tapauksessa useamman WU:n käsittely samaan aikaan takaa todennäköisemmin sen, että koneella on koko ajan töitä.

 

[TeURaS86]

Lyhyellä FAH-kokemuksella vaikuttaisi siltä, että jos on työn alla 2 WU:ta samaan aikaan, tilalle löytyy uusi WU helpommin kuin jos tekeevain yhtä kerrallaan. Ensi alkuun kävi niin, että ei löytynyt uutta pakettia tilalle. Nyt kun jaoin CPU:n kahteen slottiin prosessorikuorman nostamiseksi, on joka kerta löytynyt heti uusi WU valmistuneen tilalle.

Oletteko jakaneet CPU:ta slotteihin ja huomanneet vastaavaa? Joka tapauksessa useamman WU:n käsittely samaan aikaan takaa todennäköisemmin sen, että koneella on koko ajan töitä.

Mulla painaa CPU ihan jatkuvasti, mutta GPU huilailee hyvinkin pitkiä aikoja...

 

[Esterhaus]

Olisi kiva tietää, miten nämä FAH-tulokset näyttäytyvät tiedettä tekeville. Onko jossain Philadelphiassa valkotakkinen tutkija hiilenä, kun monimutkainen proteiinifoldaus on promillea vaille valmis, mutta ei etene kun viimeinen paketti on kesken ja nimim. Esterhaus Suomesta on laittanut taittelut pariksi tunniksi tauolle pelatakseen jotain hömppäpeliä. No ei ne tutkijat tietenkään sitä näe, kuka näitä laskee ja missä ja miten, mutta se kiinnostaisi, että miten se valmis tulos siirtyy käytännön tutkimukseen. Miten näitä käytetään, mitä sinne tutkijoille asti tulee ja miten jne.

 

[Esterhaus]

*foliohattu päähän* tai sitten koko FAH on hitonmoisen hieno skini jollekin bitcoin-mainaukselle ja kiinalainen koijari käärii hyvät rahat toisten laskentaduunilla *foliohattu pois*

 

[Jalmos]

Copy-pastella Nordnetin Sharevillestä tekstiä, jossa joku biokemisti valottaa asiaa selkokielellä:
"Folding@home laskee sitä, miten aminohappoketjut menevät sykkyrälle muodostaen proteiineja. 3D-rakenne on proteiinien toiminnalle erittäin tärkeä, esimerkiksi väärän muotoinen entsyymi ei yleensä voi katalysoida reaktiota. Tässä ongelmassa ei ole yhtä yksittäistä ratkaisua, sillä proteiinien (kuten kaiken muunkin) atomit ovat jatkuvassa liikkeessä ja proteiineilla voi olla monta erilaista muotoa, joista esimerkiksi vain osa toimii katalyyttisesti. Proteiinien muotoa ja sen muutosta ajan suhteen tutkitaan simuloimalla kaikkien atomien liikkeitä yleensä fysiologisessa suolaliuoksessa, joka vaatii tuhottomasti laskentatehoa. Keskikokoinen tällainen systeemi koostuu noin 50k atomista (proteiini+suolat+vedet), ja sen liikkeitä voidaan laskea normiprosessoreilla muutamia satoja nanosekunteja päivässä ja GPU:lla ehkä päästään mikrosekuntiin. Kun tuolla Sars-Cov2:lla on ~10 tunnettua proteiinia ja jokaisesta halutaan ajaa simulaatioita lääkeainekanditaateilla (11k tunnettua yhdistettä markkinoilla, tuskin kaikkia pitää tutkia, mutta mitä enemmän sen parempi) ja ilman mieluummin useita satoja mikrosekunteja, niin alkaa ymmärtää ongelman koon. Tämän vuoksi käytetään joko supertietokoneita (Suomessa CSC) tai näitä joukkoistuksia, sillä kotikoneellakin voi laskea pienempiä osia suuresta kokonaisuudesta. "

"Perusskenaario on simulaatiot -> proteiini/solutestit -> lisää optimointia koneella -> lisää proteiini/solutestejä (tämä sykli voi toistua kymmeniä kertoja) -> eläinkokeet -> turvallisuuden ihmiskokeet -> kliiniset kokeet (teho vs turvallisuus) -> mahdollinen myyntilupa. Tässä koronavirustapauksessa meillä ei kuitenkaan ole aikaa lähteä tekemään kalliita ja aikaa vieviä turvallisuustutkimuksia, joten pitää keskittyä noihin hyväksyttyihin lääkeaineisiin, jotta saadaan apua mahdollisimman nopeasti. Tällöin voidaan hypätä suoraan simulaatioista jopa ihmiskokeisiin, kun ei tarvitse huolehtia siitä, onko lääkeaine myrkyllinen. "

 

[Jalmos]

En keksinyt muuten, miten saan prosessoreista täyden kapasiteetin irti, mutta laitoin uuden CPU-slotin ja nyt siis duunaa kahta WU:ta samaan aikaan: nyt ollaan lähes 100 % kuormassa.

Laskennan puutteesee kaatu mun nousuyritykset kohti top50, mutta jos tässä sitten pätisi sanonta "Patience Young Padawan". Ehkä sitä tavaraa sieltä tulee vielä kunnolla työstettäväksi.

Pääasia että tiimillä menee hyvin yleensä.

CPU- vai GPU-paketeista pulaa? CPU:ssa mulla on nyt jatkuvasti käynyt niin, että toinen kone, jossa jaettu CPU-slotteihin ja siis jatkuvasti jotain tapahtuu, saa uusia CPU-paketteja. Toisessa koneessa oli vain 1 slot eikä GPU:ta ja tuntui, että CPU-laskennan valmistuessa uutta WU:ta ei saatu ladattua. Piti client käynnistää uudelleen ja silloin usein löytyi heti. Mutta nyt kun jaoin senkin kahteen CPU-slottiin niin, että koko ajan joku laskenta on meneillään, niin uusi paketti saadaan heti lataukseen.

En tiedä, voiko tämä olla GPU-puolellakin ongelma? Itselläni ei ole kuin nää läppärit, joilla ei ole tarkoitukseen sopivaa GPU:ta, niin näyttäisi olevan tarpeellista pitää koko ajan "linjat auki".

 

[podpod]

CPU- vai GPU-paketeista pulaa?

GPU. Vaan eipä huolta, niitäkin on lupailtu lisää:


Sellainenkin statsi löytyy twitteristä että F@H:lla on nyt enemmän laskentatehoa kuin top 500 supertietokoneella yhteensä.


Onkohan missään muuten ollut vahvistusta että onko nämä FLOPS-lukemat toteutuneita vai laskennallisia teoreettisia maksimeja tilanteessa että kaikille riittäisi WU:ita?

 

[Jani_ik]

CPU- vai GPU-paketeista pulaa?

Gpu. Cpu on saanu painaa vaikka 24/7 koko ajan.

 

[ravallo]

Onkohan missään muuten ollut vahvistusta että onko nämä FLOPS-lukemat toteutuneita vai laskennallisia teoreettisia maksimeja tilanteessa että kaikille riittäisi WU:ita?

Saisikohan ne tuollaista edes muuten kuin laskemalla jälkikäteen suoritetuista työpaketeista? Ei kai tuo F@H juttele ihan hirveästi muuten palvelinten kanssa kuin silloin kun se hakee paketin tai palauttaa tulokset, joten eiköhän ne laske sen tietyn ajan ja suoritetun työmäärän perusteella(?)

 

[Jalmos]

En tiedä, mutta kyllä jossain pitää laskentaakin tapahtua, koska ainakin TechBBS nousee rankissa koko ajan Tänään noussut ainakin 4 pykälää, aamulla mielestäni katsoin, että oli 225 ja nyt näkyy olevan 221. Myös grand score pamahti yli 1,3G.

Nyt kun olen harjoitellut tässä pari päivää, niin tämä mun "läppäri-klusteri" on saatu hiottua suurin piirtein maksimiin, töitä riittää kavereilla minkä ehtii, tehoa vaan uupuu silti. Rupesin jo katselemaan, että pitäisikö ruveta katsomaan jotain käytöstä poistettuja pelikoneita/servereitä/työasemia juhdaksi, saisi näytönohjaimellakin alettua painamaan. Kun kerran harrastamaan ruvetaan, niin kai siihen yt 200...300 € pystyisi sijoittamaan... Saisi ulkovarastoakin lämmitettyä lisää, jossa perunataimet versoo

 

[Jani_ik]

En tiedä, mutta kyllä jossain pitää laskentaakin tapahtua, koska ainakin TechBBS nousee rankissa koko ajan Tänään noussut ainakin 4 pykälää, aamulla mielestäni katsoin, että oli 225 ja nyt näkyy olevan 221. Myös grand score pamahti yli 1,3G.

Nyt kun olen harjoitellut tässä pari päivää, niin tämä mun "läppäri-klusteri" on saatu hiottua suurin piirtein maksimiin, töitä riittää kavereilla minkä ehtii, tehoa vaan uupuu silti. Rupesin jo katselemaan, että pitäisikö ruveta katsomaan jotain käytöstä poistettuja pelikoneita/servereitä/työasemia juhdaksi, saisi näytönohjaimellakin alettua painamaan. Kun kerran harrastamaan ruvetaan, niin kai siihen yt 200...300 € pystyisi sijoittamaan... Saisi ulkovarastoakin lämmitettyä lisää, jossa perunataimet versoo

Mullakin on 300€ arvonen Corona-Boksi tulossa tukevoittamaan vauhtia. Pääsee oikee designaamaa mikä on mukavaa. Tech-BBS kunniaa en hae koska aina löytyy hurjempia asiainharrastajia ja muita ihmisiä suurine resursseineen, vaan tavotteet on mulla aika oldskool.

 

[Jalmos]

Mullakin on 300€ arvonen Corona-Boksi tulossa tukevoittamaan vauhtia. Pääsee oikee designaamaa mikä on mukavaa. Tech-BBS kunniaa en hae koska aina löytyy hurjempia asiainharrastajia ja muita ihmisiä suurine resursseineen, vaan tavotteet on mulla aika oldskool.

No niin, voitko valottaa hiukan speksejä, jos kattelisin, mitä sillä löytää? Millä käyttiksellä meinaat sitä ajaa, vai onko koneessa Win-lisenssi?

Löysin yhdeltä käytettyjä koneita treidaavalta lafkalta tollasen Dellin vanhan työaseman, jossa tämmöset speksit:
- Intel Xeon Processor E5-1630 v3 (4C, 3.7GHz, Turbo, HT, 10M, 140W)
- 32GB keskusmuistia ! (4x8GB) 2133MHz DDR4 RDIMM ECC
- Nvidia Quadro K2200 4GB näytönohjain (2 DP, DL-DVI-I) (1 DP to SL-DVI adapter)

Kai tolla nyt hiukan coronaa myllyttäisi? Siinä ei ole käyttistä ja mietityttää vaan, saako Linuxille kunnon ajurit ko. näyttikselle. Kovalevy löytyy hyllystä tai sitten ostaisi jonkun halvan SSD:n siihen. Luultavasti hintaa saisi sopparin kautta tingattua johonkin 300 luokkaan.