Mitä nyt ironisesti juuri alkuperäisessä Skyward Swordissa on pelin rikkova bugi, jota Wiin rajoitusten takia ei edes voitu pätsätä (pelissä jää pysyvästi jumiin, jos tekee tietyn reittivalinnan). Sen sijaan Wii Shoppiin julkaistiin erillinen korjaus-appi, jolla jumiin jääneen tallennuksen pystyy korjaamaan.
Peli itsessään kuitenkin sisältää kyseisen bugin yhä ja ikuisesti, ja on siinä muitakin häiritseviä bugeja, joita ei koskaan voitu korjata. Ärsyttävimpänä se, että peli unohtaa jokaisen käynnistyksen välillä, mitkä kerättävät objektit/ötökät oli ennestään tuttuja ja selittää ne yhä uudelleen. Tämä ja Fin yliselittävä asenne oli itselläni koko pelin suurimmat miinukset.
Vaan jospa näistä viimein päästään eroon HD-versiossa.