Maailman tehokkaimmat supertietokoneet ja kotikoneet taistelevat COVID-19-pandemiaa vastaan

[Kaotik]

Kaotik kirjoitti uutisen/artikkelin:
COVID-19-pandemian levitessä ympäri maailman se on vaikuttanut useimpien elämään jo tavalla tai toisella. Kaiken negatiivisen ympärillä on kuitenkin nähty myös positiivista yhteisöllisyyttä myös yritysmaailman toimesta, kun useat eri teknologiayritykset ovat sitoutuneet valmistamaan ja lahjoittamaan terveydenhuollolle tarpeellisia suojavälineitä ja muita tarvikkeita.

Myös maailman supertietokoneet ovat ottaneet jo osaa SARS-CoV-2:n vastaiseen taisteluun ja yhdysvaltalaistutkijat löysivätkin maailman nopeimmalla supertietokoneellaan, Summitilla 77 potentiaalista lääkeainetta, jotka voisivat toimia uutta koronavirusta vastaan. Kotirintamalla taistelua on puolestaan käyty Folding@Home-ohjelman avulla, jonka laskemilla tiedoilla on simuloitu viruksen kiinnittymisproteiinia. Tom’s Hardwaren mukaan muutama päivä sitten Folding@Homen yhteenlaskettu laskentateho koronavirusta vastaan oli peräti 470 petaFLOPSia, enemmän kuin maailman seitsemän nopeimman supertietokoneen teoreettinen laskentateho yhteensä.

Nyt IBM, Yhdysvaltain energiaministeriö (Department of Energy) ja Valkoisen Talon tiede- ja teknologiavirasto ovat lyöneet hynttyynsä yhteen ja perustaneet COVID-19 High Performance Computing -konsortion. Konsortioon kuuluvat kolmikon lisäksi Amazon Web Services, Google Cloud, Microsoft, Massachusettsin teknillinen yliopisto MIT, Rensselaerin polytekninen instituutti, Kalifornian yliopiston San Diegon yksikkö, viisi energiaministeriön laboratioriota, National Science Foundation (Pittsburgh Supercomputing Center) ja NASA.

Konsortioon kuuluvat antavat tutkijoiden käyttöön supertietokoneiden ja palvelinten laskenta-aikaa ilmaiseksi taistelussa COVID-19-pandemiaa vastaan. Tällä hetkellä konsortion kautta on käytettävissä osia yhteensä 16 supertietokoneesta. Laskentatehoa niistä irtoaa 330 petaFLOPSin edestä ja järjestelmissä on käytettävissä yhteensä 775 000 erilaista prosessoriydintä ja 34 000 laskentakorttia.

Päivitys:



Folding@Home rikkoi torstaina jo 1,5 eksaFLOPSin rajapyykin. Mukaan on laskettu viimeisen 50 päivän aikana aktiivisina olleet prosessorit ja näytönohjaimet.

Lähteet: COVID-19 HPC Consortium, Tom's Hardware, IEEE Spectrum, IBM, Folding@Home Statistics

Linkki alkuperäiseen juttuun

 

[eternality]

Sinänsä ihan hyvä toki että auttavat, mutta toisaalta tulee mieleen että miksei näin tehdä muiden lääketieteellisten ongelmien kanssa, kuten vaikka syöpä tai vanheneminen. Molemmat ovat ja tulevat tappamaan paljon enemmän ihmisiä kuin koronavirus ikinä, mutta eivät vain ole niin mediaseksikkäitä ja eivät vaikuta yritysten pörssiarvoon, joten ei kiinnosta?

 

[Kaotik]

Sinänsä ihan hyvä toki että auttavat, mutta toisaalta tulee mieleen että miksei näin tehdä muiden lääketieteellisten ongelmien kanssa, kuten vaikka syöpä tai vanheneminen. Molemmat ovat ja tulevat tappamaan paljon enemmän ihmisiä kuin koronavirus ikinä, mutta eivät vain ole niin mediaseksikkäitä ja eivät vaikuta yritysten pörssiarvoon, joten ei kiinnosta?

Ne eivät ole samalla tapaa akuutteja ongelmia jotka ovat käytännössä pysäyttäneet merkittävän osan maailmaa.

 

[leripe]

Sinänsä ihan hyvä toki että auttavat, mutta toisaalta tulee mieleen että miksei näin tehdä muiden lääketieteellisten ongelmien kanssa, kuten vaikka syöpä tai vanheneminen. Molemmat ovat ja tulevat tappamaan paljon enemmän ihmisiä kuin koronavirus ikinä, mutta eivät vain ole niin mediaseksikkäitä ja eivät vaikuta yritysten pörssiarvoon, joten ei kiinnosta?

Kapitalismissa näin ei vain voi yksinkertaisesti toimia.

 

[eternality]

Ne eivät ole samalla tapaa akuutteja ongelmia jotka ovat käytännössä pysäyttäneet merkittävän osan maailmaa.

Jep, mutta toisaalta rokotteen tai muun hoidon mahdollinen löytäminen tuskin vaikuttaa oleellisesti eristystystoimien kestoon, koska testaus, tuotanto ja jakelu vievät niinkauan että suurinosa ihmisistä on jo saanut viruksen.

 

[@Pauli]

Nälkään kuolee päivässä enemmän kuin tähän mennessä coronaan maailmanlaajuisesti yhteensä, mutta koska se ei tartu maailman johtajiin niin kukapa niistä välittäisi. 70 nurkilla oleva mies taas hallitsee aika monessa maassa, ei ihme että puntti tutisee...
Sen sijaan että käytetään tähän hömppään aikaa, pitäisi tutkia kuinka moni onkaan jo sairastanut taudin jotta saadaan tähän hurahtamiseen tolkkua ja immuunit takaisin pyörittämään maailmaa

 

[Kaotik]

Jep, mutta toisaalta rokotteen tai muun hoidon mahdollinen löytäminen tuskin vaikuttaa oleellisesti eristystystoimien kestoon, koska testaus, tuotanto ja jakelu vievät niinkauan että suurinosa ihmisistä on jo saanut viruksen.

Mutta toistaiseksi on epäselvää saako siitä immuniteetin ja jos saa, kuinka pitkäksi aikaa. Lisäksi tällä hetkellä tuon odotetaan jäävän "pysyväksi kiertolaiseksi" influenssan tapaan, mikä luonnollisesti mutatoituu pikkuhiljaa (kuten se influenssakin) ja immuniteetti tuskin pätee ainakaan siihen seuraavan rundin mutaatioon. Tavoite on siis saada toimiva rokotepohja ja siten tilanne hallintaan vaikka jäisikin kiertämään, rokotteita on helpompi muokata mutaatioita vastaan kuin kokonaan uutta virusta vastaan ja "väärän mutaation" rokote todennäköisesti lievittäisi oireita jonkin verran joka tapauksessa.

Nälkään kuolee päivässä enemmän kuin tähän mennessä coronaan maailmanlaajuisesti yhteensä, mutta koska se ei tartu maailman johtajiin niin kukapa niistä välittäisi. 70 nurkilla oleva mies taas hallitsee aika monessa maassa, ei ihme että puntti tutisee...
Sen sijaan että käytetään tähän hömppään aikaa, pitäisi tutkia kuinka moni onkaan jo sairastanut taudin jotta saadaan tähän hurahtamiseen tolkkua ja immuunit takaisin pyörittämään maailmaa

Nämä asiat eivät ole niin yksinkertaisia kuin voisi kuvitella.
Tämän suuntainen väittely kuuluu kuitenkin ihan toiselle alueelle, joten lopetetaan tällaiset vertailut ja muut vastaavat heti alkuunsa. Tästä ei myöskään tule uutta "koronaketjua" vaan keskitytään tässä keskustelemaan vain uutisessa esitetyistä asioista (supertietokoneet, folding@home jne)

 

[eternality]

Mutta toistaiseksi on epäselvää saako siitä immuniteetin ja jos saa, kuinka pitkäksi aikaa. Lisäksi tällä hetkellä tuon odotetaan jäävän "pysyväksi kiertolaiseksi" influenssan tapaan, mikä luonnollisesti mutatoituu pikkuhiljaa (kuten se influenssakin) ja immuniteetti tuskin pätee ainakaan siihen seuraavan rundin mutaatioon. Tavoite on siis saada toimiva rokotepohja ja siten tilanne hallintaan vaikka jäisikin kiertämään, rokotteita on helpompi muokata mutaatioita vastaan kuin kokonaan uutta virusta vastaan ja "väärän mutaation" rokote todennäköisesti lievittäisi oireita jonkin verran joka tapauksessa.

Joo, rokote on toki hyödyllinen ja tarpeellinen pitkällä tähtäimellä. Pointti oli se että, löytyypä rokote lähikuukausina tai ensivuonna, sillä ei ole juurikaan vaikutusta nykyiseen epidemiaan ja sen seurauksiin, joten se ei ole mikään erityisen akuutti ongelma.

 

[ratkakapu]

Joo, rokote on toki hyödyllinen ja tarpeellinen pitkällä tähtäimellä. Pointti oli se että, löytyypä rokote lähikuukausina tai ensivuonna, sillä ei ole juurikaan vaikutusta nykyiseen epidemiaan ja sen seurauksiin, joten se ei ole mikään erityisen akuutti ongelma.

Tuo virus tulee muuntumaan lähikuukausina ja lähtemään uudelle kierrokselle, jolloin ei enää olee (täyttä) immuniteettia sen sairastaneillakaan: se tulee tätä kierota jatkamaan niin pitkään kunnes saadaan rokote kehitettyä.
Ei siis eroa näiltä osin perus infulensasta mitenkään. Sekin palaa n. 12 kk syklillä tietylle alueelle. Sille kehitetään uusi rokote joka vuosi, mutta se on helppoa, koska muuntuminen on vuosittain pientä. Sama tulee tälle käymään. Siksi mitä nopeammin niin sitä nopeammin: vituttaisi joku neljän vuoden eristäytyminen...

 

[pomk]

Mutta toistaiseksi on epäselvää saako siitä immuniteetin ja jos saa, kuinka pitkäksi aikaa.

Jos taudin sairastamalla ei saa siihen immuniteettia, niin ei sitä saa rokotteellakaan. Luonnollisesti uusi variantti samasta virusperheestä voi ohittaa aikaisemmin saadun immuniteetin, mutta sama pätee siihen rokotteellakin saatuun suojaan.

 

[Kepe]

Heh, Folding@Homelle CPU- ja GPU-aikaa lahjoittavien määrä on räjähtänyt käsiin siihen malliin, että ylläpitäjät ei ehdi valmistella tarpeeksi tehtäviä laskettavaksi. Itselläkin clientti vaan idlaa, kun ei ole mitään tehtävää.

 

[oriental]

Nälkään kuolee päivässä enemmän kuin tähän mennessä coronaan maailmanlaajuisesti yhteensä, mutta koska se ei tartu maailman johtajiin niin kukapa niistä välittäisi. 70 nurkilla oleva mies taas hallitsee aika monessa maassa, ei ihme että puntti tutisee...
Sen sijaan että käytetään tähän hömppään aikaa, pitäisi tutkia kuinka moni onkaan jo sairastanut taudin jotta saadaan tähän hurahtamiseen tolkkua ja immuunit takaisin pyörittämään maailmaa

Nälkäkuolemat johtuu tiettyjen kansojen omista toimista. Eli hallitsemattomasta lisääntymisestä. Eipähän sitä vastuuta voi länsimaille vierittää siitä että kehitysmaissa väännetään kakaraa tilanteeseen jossa resurssit ei riitä. Korkeintaan voi syyttää siitä että kaikki kehitysapu vaan ruokkii tätä liikakansoitusta, kun ei voida suoraan puhua siitä että lapsia tehdään liikaa ja tätä pitäisi rajoittaa vaikka sitten steriloinneilla jos ei muu tehoa.

Korona taas touhuaa omiaan ja vaikuttaa koko maapalloon, eli sitten miten tahansa.

No, sun asenne taitaa olla "korona on pikku juttu, mikä lie hurahdus" niin turha kai tästä on keskustella. Ei se nyt niin yksinkertaista ole että kaikilla sairastaneilla olisi immuniteetti tai ettei he enää tautia levittäisi. Puhumattakaan siitä miten hankala heitä olisi eritellä sairastamattomista niin että tyhmä kansa ei lähde hillumaan "kun muutkin saa". Helppohan se on huudella, etenkään jos ei ymmärrä tarpeeksi asioista.

Näkeehän tuon maailmalta että ne maat joissa kontrolli on kovin = sairastuneiden määrä on taittunut/taittumassa laskuun.

Suomessa sen sijaan juntit naureksii jos joku kulkee maski päässä julkisella paikalla.

Onhan tuo nähty jokaisessa maassa että keskiverto ihminen on liian tyhmä ja välinpitämätön pysymään kotona, sen sijaan ravataan turhissa baareissa sun muissa ja pahimmat koittaa tahallaan saada/tartuttaa tautia muihin.

Muutenkin tuo analogia koronan ja nälkäkuolemien välillä on aika kaukaa haettua höpötystä. Onhan se kurjaa kuolla nälkään vaan ei sen voivottelu nyt kuulu paskan vertaa tähän globaaliin kriisiin, vai pitäisikö korona unohtaa, antaa miljoonien kuolla siihen ja lopuksi todeta "nälkäänkin kuolee ihmisiä " ?

 

[PyleP]

onkos tästä mitään faktaa olemassa että minkätasoista ruoskaa kannattaa tarjotella tähän?

eli kannattaako kasata tuolta kaapin perältä joku 1155 I5+GTX 660 tähän vaiko ei?

 

[Kaotik]

onkos tästä mitään faktaa olemassa että minkätasoista ruoskaa kannattaa tarjotella tähän?

eli kannattaako kasata tuolta kaapin perältä joku 1155 I5+GTX 660 tähän vaiko ei?

Ihan itsestäsihän se on kiinni, onko se sinulle lisäsähkölaskun arvoista? Kyllä kaikki koneet kuitenkin auttavat (kunhan töitä saadaan jaettua taas kaikille normaalivauhtia)

 

[VmH]

"2. Saako COVID-19-virukseen immuniteetin jos sen sairastaa kertaalleen?

Saa. Näin sanoo erikoislääkäri Olli Vapalahti. Suomessakin olleilla potilailla on havaittu, että sairauden toisen viikon aikana ihmiselle kehittyy vasta-aineita, jotka muodostavat immuniteetin."

Vasta-aineista pystytään tällä hetkellä päättelemään jälkeenpäin testerillä, onko potilas sairastanut korona viruksen vai ei. Taudin itämisaika on pitkä, jonka takia 14 pv:n karanteeni sairastumisen jälkeen on ollut suositeltavaa.

Tässä 100 kysymystä ja vastausta alan ammattilaisilta

 

[@Pauli]

Tyhmää tai ei, toin vaan karun realiteetin esiin vaikkakin mutkat suoriksi tyylillä.
Se mitä kritisoin on turha puuhastelu @setihome, koronahome tai supertietokone hehkutuksella.
Molekyylien laskenta ei onnistu vaikka kaikki maailman koneet liitettäisiin yhteen, virus muuntuu joka kerta päästessään eri ihmiseen ja kuten on esim. HIV kanssa nähty, edes ajan funktio ei tuota rokotetta.
Laskentatehosta olisi enemmän hyötyä jos sillä kartoitettaisiin mitä oikeasti tappavan viruksen ilmaantuessa (luokkaa Mers 30-60% kuolleisuudella mutta leviää hengitysilmassa) olisi ihmiskunnan vaihtoehdot.
En pidä ”junttina” suojautumista tai vähättele nykyistä, mutta naiivilta kuulostavaa projektia jossa luullaan laskentatehojen riittävän mihin vaan, sitä pidän ajan haaskauksena.

 

[prc]

Heh, Folding@Homelle CPU- ja GPU-aikaa lahjoittavien määrä on räjähtänyt käsiin siihen malliin, että ylläpitäjät ei ehdi valmistella tarpeeksi tehtäviä laskettavaksi. Itselläkin clientti vaan idlaa, kun ei ole mitään tehtävää.

Saman huomasin.. Pari päivää taistelin tuon kanssa ja totesin että grindatkoot muut jos kerran valtaosan ajansa kone puhaltaa pelkkää hukkalämpöä kämppään. Pitää koitaa myöhemmi uudestaan jos sieltä alkaisi taas löytyä taskeja.

 

[Starglazer]

Kovia lukuja saadaan kotikoneillakin. Laitoin itsekin taustalle, eipä näytä olevan tehtävää tällä hetkellä.

 

[erittainvarma]

Kannattaa laittaa Rosetta@home pyörimään Folding@homen lisäksi. Rosetta pitää prossun koko ajan kiireisenä.

 

[JiiPee]

Jos FAH clientti on idlannut pidempään saamatta työtä, kannattaa käynnistää koko clientti uusiksi. Ilmeisesti vain käynnistyksessä saa listan servereistä jotka jakaa töitä ja uusia servereitä pystyttäävät kovaa tahtia.
Ittellä oli GPU pari vuorokautta idlessä kun ei saanu töitä, käynnistin clientin uudestaan niin lähes heti nappasi työn uudelta serveriltä.

Samalla kannattaa muistaa että tuo uusi GPU Core22 ja nää sarssi työt kuormittaa GPU:ta huomattavasti rankemmin mitä Core21 aikaan ja mahdolliset kellotukset jotka oli vakaat Core21 aikana, ei enää olekkaan vakaat.

 

[zepi]

Kapitalismissa näin ei vain voi yksinkertaisesti toimia.

Tottakai voi tehdä, jos joku vaan haluaa. Haluaminen kanavoituu tapahtumiseksi sillä, että otat lompakosta luottokortin, naputtelet sen Amazonin verkkopalveluun ja lahjoitat cloud-instanssin jollekin lääketutkijalle.

Jos et halua niin paljon, että olisi valmis maksamaan mitään, niin ihan turha tulla ihmettelemään, että miksi kukaan muukaan ei tee sitä.

 

[neg0t]

Tuli laitettua eilen kans fold jauhamaan yöksi. En kerennyt aamulla vilkaisemaan että mikä oli tilanne, mutta töiden jälkeen selvinnee.

 

[Tzandels]

Olisipa kryptojauhamisen sijaan laitettu vastaava määrä laskentakapasiteettia tähän projektiin.

 

[prc]

Olisipa kryptojauhamisen sijaan laitettu vastaava määrä laskentakapasiteettia tähän projektiin.

Olisin laittanut oman capan jos FAH jauhaminen olisi ollut suoraa sähkölämmitystä halvempi, kuten krypto jauhaminen (taino olihan se välistä voitollistakin). Lopulta aika monessa asiassa se viivan alle jäävä määrää.

 

[Freeze]

Ja sitten ihan tiedoksi, TechBBS nimissä on tiimikin pystyssä:

TechBBS Folding@Home -tiimi (SARS-CoV-2 laskenta)

Perustettu tällä päivämäärällä, ID 231988 Mistä on kyse? Projektista kiinnostuneille tietoa suoraan Wikipediasta: Folding@home on hajautetun laskennan projekti, joka hyödyntää henkilökohtaisten tietokoneiden ylijäämäistä laskenta-aikaa tutkiakseen proteiinien muodostamia kolmiulotteisia...

bbs.io-tech.fi

 

[Hiiohoi]

Itse laitoin muutamia päiviä sitten ohjelman koneelle raksuttamaan. Näytönohjain raksutti noin 80W teholla.. Mutta muut ohjelmat kaatui koko ajan, tuli jopa uudenlainen BSOD =) ja sitten kun vasta poisti ohjelman niin kaikki oli ennallaan.

 

[Narvakaali]

Tämä on nyt jonkun aikaa jauhanut. Tila missä kone on saa kivasti lämpöä kun Vega laskee jotain, että se sähkö ei suoraan ole pois omasta taskusta vaan vähentää patterin lämmitys tarvetta.

Aika pitkiä aikoja on kuitenkin ilman mitään kuormaa.

Tuleehan tuosta tunne että on edes jollain tavalla avuksi. Toisaalta taas tarjokkaita tuntuu olevan enemmän kuin laskenta tehtäviä.

 

[Kaotik]

Folding@home rikkonut 1,5 eksaFLOPSin rajapyykin

Folding@Home Reaches Exascale: 1,500,000,000,000,000,000 Operations Per Second for COVID-19

www.anandtech.com

Folding@home | Statistics

Folding@home Statistics

stats.foldingathome.org